Organizačními jednotkami Fakulty veterinárního lékařství jsou 4 sekce a děkanát. Sekce se dále člení na jednotlivé ústavy a kliniky. Výuku studijního programu zajišťuje celkem 13 ústavů a klinik Fakulty veterinárního lékařství v integraci s dalšími ústavy Fakulty veterinární hygieny a ekologie a Farmaceutické fakulty VFU Brno. V současné době na fakultě studuje více než 700 studentů magisterského studijního programu a 90 studentů doktorského studijního programu.

Výuka v jednotlivých disciplinách byla přizpůsobena učebním programům platným v zemích evropského společenství (EU), což vytváří předpoklady pro uplatnění absolventů i v těchto zemích. Těmto požadavkům odpovídá i schválené curriculum. FVL je členem Asociace evropských veterinárních škol (European Association of Establishments for Veterinary Education - E.A.E.V.E.).